Родилась 25 августа 1911 года в ныне Бёкчёгинском наслеге Вилюйского улуса Республики Саха (Якутия) в семье крестьянина бедняка. Якутка.
До организации колхозов батрачила. Трудовую деятельность начала в 1931 году после окончания батрацких курсов в Вилюйском районе Якутской АССР (ныне – Вилюйский улус Республики Саха (Якутия)). В 1932 году вступила в ВКП(б)/КПСС.
Работала продавцом, а в 1934-1937 годах – заведующей молочно-товарной фермой в Якутском районе Якутской АССР. В 1937-1939 годах – мастер Якутского молокозавода. В 1939 году выдвинута на партийную работу. Являлась секретарем Якутского райкома ВКП(б), а в годы Великой Отечественной войны – секретарем Горного райкома ВКП(б) по кадрам, а затем заведующей отделом Якутского райисполкома.
После войны по собственному желанию перешла на работу в сельское хозяйство и более 20 лет проработала дояркой совхоза «Якутский» Вилюйского района, где постоянно добивалась высоких показателей. Внедряя в практику передовые методы ухода и кормления животных, она одной из первых в республики надоила от каждой фуражной коровы по 3000 килограммов молока.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 марта 1960 года в ознаменование 50-летия Международного женского дня, за выдающиеся достижения в труде и особо плодотворную общественную деятельность Трофимовой Варваре Петровне присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».
В дальнейшем вышла на заслуженный отдых.
Депутат Верховного Совета Якутской АССР 5-го созыва.
Жила в Вилюйском районе. Умерла 7 октября 1990 года.