Родился 1 июля 1918 года в селе Порос (ныне Торосгюх Ашоцкого района Ширакской области, Армения) в семье крестьянина. Армянин. Окончил педагогическое училище в 1939 году. Работал завучем средней школы в селе Заришат ныне Ширакской области. Призван в Красную Армию в сентябре 1939 года. Окончил полковую школу.

Во время Великой Отечественной войны в действующей армии с июня 1941 года.

Сражался на Западном, Центральном, Закавказском, Северо-Кавказском фронтах, в Отдельной Приморской армии, на 4-м Украинском и 1-м Белорусском фронтах.

Четырежды ранен, в том числе тяжело дважды — в августе и сентябре 1941 года.

Особо отличился в боях по освобождению Севастополя при штурме высоты Горная.

9 мая 1944 года при прорыве сильно укрепленной полосы противника на высоте Горная первым бросился в атаку, ворвался в дзот противника и гранатами уничтожил 10 гитлеровцев. Когда противник перешел в контратаку, были убиты командиры двух взводов его роты. А. А. Арутюнян принял командование взводами на себя и успешно отбил контратаку, уничтожив до 40 солдат и офицеров. Затем двумя взводами атаковал врага и выбил его из укрепленного района. В ходе боя было убито 70 вражеских солдат и офицеров. Кроме того, было взято 30 пленных.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 марта 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство старшему сержанту Арутюняну Айдину Арутюновичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

В 1945 году демобилизован. Жил в Ереване, работал в Министерстве внутренних дел Армянской ССР и начальником отдела исполкома Ереванского горсовета. С 1961 года майор А. А. Арутюнян — в отставке.

Умер 23 ноября 1990 года. Похоронен на Тохмахском кладбище города Ереван.

Награжден орденами Ленина (24.03.1945), Отечественной войны 1-й степени (11.03.1985), 2 орденами Красной Звезды (12.04.1945; 16.04.1945), медалями «За боевые заслуги» (25.06.1954), «За оборону Кавказа» (1944), «За освобождение Варшавы» (1945), другими медалями.

С 1 января по 4 февраля 1943 года участвовал в составе 58-й армии в Северо-Кавказской наступательной операции  и освобождении города Малгобек (ныне республика Ингушетия).

На Северо-Кавказском фронте в составе 58-й армии участвовал в Краснодарской наступательной операции (9 февраля – 16 марта 1943 года). Во второй половине марта войска армии продолжали вести наступательные бои и к 4 апреля вышли на подступы к городу Темрюк на Таманском полуострове. В дальнейшем до сентября 1943 года армия обороняла побережье Азовского моря.

В составе 18-й армии на Северо-Кавказском фронте  участвовал в Новороссийско-Таманской стратегической операции (9 сентября – 9 октября 1943 года), в ходе которой 89-я стрелковая дивизия в упорных боях освобождала Таманский полуостров, за что получила почетное наименование Таманской.

 В декабре 1943 года 89-я стрелковая дивизия, которая находилась в составе Отдельной Приморской армии, переправилась на Керченский полуостров и до апреля 1944 года вела бои за удержание плацдарма и совершенствовала свою оборону.

В составе Отдельной Приморской армии (с 18 апреля по 20 мая 1944 года – Приморской армии 4-го Украинского фронта) участвовал в Крымской стратегической наступательной операции (8 апреля – 12 мая 1944 года) и освобождении города-Героя Севастополя.

В ходе наступления в этой операции 89-я стрелковая дивизия 16 апреля вышла к городу Балаклава (ныне – часть Балаклавского района Севастополя) и участвовала в его штурме. 18 апреля Балаклава была освобождена. После этого участвовала в упорных боях за овладение господствующими высотами в окрестности Балаклавы.
Особенно упорные бои шли за овладение высотой Горная между Балаклавой и юго-западной оконечностью Сапун-горы. Возвышаясь над окружающей местностью, она являлась одной из ключевых позиций на южных подступах к Севастополю. Штурм Горной продолжался с 7 по 9 мая, она несколько раз переходила из рук в руки.

До сентября 1944 года 89-я стрелковая дивизия в составе Отдельной Приморской армии находилась в Крыму. В октябре 1944 года была передислоцирована на 1-й Белорусский фронт, на территорию Польши.

В составе 33-й армии участвовал в Варшавско-Познанской наступательной операции (14 января – 3 февраля 1945 года) - составной части Висло-Одерской стратегической операции. Армия наступала с Пулавского плацдарма в направлении Шидловец, Опочно, Калиш. К концу ее вышла к Одеру (Одра) в районе Фюрстенберга и юго-восточнее, форсировала реку и захватила плацдарм.

Во время наступательных боев в районе города Томашув при внезапной атаке противника на колонну полка командир взвода старший сержант А.А.Арутюнян быстро развернул взвод и отразил атаку. При этом было уничтожено до роты вражеских солдат и офицеров, уничтожены 2 ручных и 1 станковый  пулемет. Сам вел огонь из ручного пулемета, заменив вышедшего из строя первого номера. Был награжден орденом Красной Звезды.

Взвод А.А.Арутюняна, как наиболее боеспособный, был переведен в передвижной отряд в качестве десанта на самоходных орудиях.

После окончания Варшавско-Познанской операции в боях на плацдарме западного берега реки Одер во время отражения атаки противника 16 февраля 1945 года умело руководил взводом. Лично уничтожил 1 офицера и 8 солдат. Был награжден вторым орденом Красной Звезды.

С 16 апреля по 8 мая 1945 года принимал участие в составе 33-й, а затем 3-й ударной армии в Берлинской стратегической наступательной операции (16 апреля – 8 мая 1945 года) и в штурме Берлина.

В этой операции  89-я стрелковая дивизия в составе 38-го корпуса начала боевые действия с  штурма города Франкфурт-на-Одере (Земля Бранденбург). 23 апреля город был взят, и 38-й корпус был выведен из состава 33-й армии в резерв фронта. Позднее был передан 3-й ударной армии в ходе штурма Берлина. 89-я стрелковая дивизия участвовала  в уличных боях в Берлине в районе парка Гумбольдт-Хайн.

При подготовке биографии, кроме приведенных источников, использован материал с сайта Армянская энциклопедия фонда "Хайазг".