Родился 7 ноября 1908 года в селе Архангельское ныне Острогожского района Воронежской области в крестьянской семье. Русский. После окончания начальной школы батрачил у местного богатея. В 1921 году вступил в коммуну, позже - в колхоз "Пахарь". Член ВКП(б)/КПСС с 1932 года. Отец - Стефан Михайлович - был председателем колхоза, в годы войны казнен гитлеровцами. 

В июне 1941 года Михаил был призван в Красную Армию Коротякским райвоенокматом. С октября того же года участвовал в боях с захватчиками под Смоленском, Воронежем, Сталинградом, был дважды ранен. К осени 1943 года воевал во взводе пешей разведки 957-го стрелкового полка 309-й стрелковой дивизии. Особо отличился при форсировании реки Днепр осенью 1943 года.

В ночь на 24 сентября 1943 года красноармеец Кисляков с группой в составе четырех человек первым скрытно форсировал реку Днепр у села Балыко-Щучинка (Кагарлыкский район Киевская область). Разведчики пробрались в тыл врага, разведали огневые позиции  и уничтожили пулемет мешавший переправе подразделений полка, его гранатами забросал Кисляков. После этого разведгруппа зашла в населенный пункт Балыко-Щучинка. Автоматным огнем разведчики подняли суматоху и захватили контрольного пленного, который дал ценные сведения. Возвращаясь обратно, группа наскочила на засаду немцев. В завязавшемся бою товарищ Кисляков убил пять солдат противника.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1943 года за успешное форсирование реки Днепр южнее Киева, прочное закрепление плацдарма на западном берегу реки Днепр и проявленные при этом отвагу и геройство красноармейцу Кислякову Михаилу Стефановичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 6625).

Войну закончил в Венгрии. В 1945 году был демобилизован. Вернулся домой. 

Только в 1948 году стало известно о присвоении высокого звания, и Герою были вручены награды. 

Жил на хуторе Яблочный Острогожского района Воронежской области.

Скончался 25 декабря 2003 года. Похоронен на хуторе Яблочный.

Награжден орденами Ленина, Отечественной войны 1-й степени, медалями.